Решение задач биоинформатики при помощи веб - и интернет-сервисов

Description

Учебно-методическое пособие. - Иркутск: Иркутский гос. ун-т, 2011. - 50 с. Учебно-методическое пособие содержит примеры использования современных веб- и интернет-сервисов для решения возникающих перед биологом биоинформатических задач. В нем освещены общие вопросы работы с биологическими последовательностями и пространственными моделями, кратко описаны применяющиеся в биоинформатике форматы файлов, содержится обзор основных биологических баз данных и сервисов работы с ними. Рассмотрены примеры работы с сервисами для поиска последовательностей, множественного выравнивания, филогенетического анализа, для молекулярного компьютерного моделирования трехмерных структур белков, поиска научных статей по заданным критериям и др. Особое внимание уделено построению пространственных моделей по гомологии. Задача пособия – дать первоначальные навыки работы с биоинформатическими сервисами и базами данных. Предполагается, что читатель является уверенным пользователем персонального компьютера и имеет навыки навигации и поиска данных в сети Интернет. Для студентов, аспирантов, преподавателей интересующихся биоинформатикой.СодержаниеВведение Подготовка рабочего места Базы данных для биоинформатика: инструмент и результат GenBank – база данных биологических последовательностей Protein Data Bank – банк данных трехмерных структур белков и нуклеиновых кислот PubMed – база публикаций по медицине и биологии Контрольные вопросы Программы и форматы UCSF Chimera и формат PDB Редактор JalView и FASTA - формат Контрольные вопросы Интернет- и веб-сервисы: основные понятия, проблемы и перспективы Принципы работы интернет- и веб-сервисов Выравнивание последовательностей в MAFFT GeneBee и Bri-shur: сделано у нас Облачные вычисления – дорога в будущее Контрольные вопросы Учебная работа по моделированию пространственной структуры биологического объекта Задание Извлечение знаний (Data mining) Анализ вирусного белка NS3 Скрининг по гомологии Скрининг с кластеризацией Построение филогенетического древа Конструирование трехмерной структуры вирусного белка NS3 Система поиска научных статей в базе данных Медлайн Исследование функциональных доменов вирусного белка NS3 Необходимое послесловие к моделированию Список рекомендованной литературы