Gene und Stammbäume. Ein Handbuch zur molekularen Phylogenetik

Description

""Vorwort"" ""Danksagung"" ""Vorwort zur ersten Auflage"" ""Das Konzept unseres Buches"" ""Inhaltsverzeichnis"" ""1 Die molekularen Grundlagen des Lebens"" ""1.1 Erbinformation: Nukleotide und DNA"" ""1.2 Der genetische Code"" ""1.3 Die Proteinbiosynthese"" ""1.4 Chromosomen und Chromatin � Gene, Genome und Genetik"" ""1.5 Endosymbiontengenome in Mitochondrien, Chloroplasten und ...?"" ""1.6 Molekulare Besonderheiten"" ""1.7 Die Werkzeugkiste der Gentechnologie"" ""1.8 Leseempfehlungen"" ""2 Evolution, Taxonomie, Kladistik und Phylogenetik"" ""2.1 Evolution"" ""2.2 Taxonomie""""2.3 Kladistik und Phylogenetik"" ""2.4 Molekulare Phylogenetik"" ""2.5 Leseempfehlungen"" ""3 Datenbanken, Alignments, Software"" ""3.1 Die Datenbanken f�r molekulare Sequenzdaten"" ""3.2 Alignments"" ""3.3 Integrierte Programmpakete f�r die molekularen Phylogenetik"" ""3.4 Speziellere Anwendungen in phylogenetischen Analysen"" ""3.5 Graphische Darstellung von B�umen"" ""3.6 Attraktive Darstellung von Alignments"" ""3.7 Leseempfehlungen"" ""4 Stammb�ume rekonstruieren: das Allerwichtigste in einem Kapitel"" ""4.1 Phylogenetische Methoden in der Übersicht"" ""4.2 Erste Stammb�ume mit MEGA und PAUP*""""4.3 Beuteltiere auf die B�ume: MEGA"" ""4.4 Arbeiten mit PAUP* unter Windows"" ""4.5 Die Zusammenfassung: Von den Daten zum Stammbaum"" ""4.6 Leseempfehlungen"" ""5 Parsimonieanalyse"" ""5.1 Das Parsimonieprinzip"" ""5.2 Gar nicht sparsam: Mehr �ber Parsimonie"" ""5.3 Auf Baumsuche"" ""5.4 Die Messung von Homoplasie"" ""5.5 Oft �bergangen: L�cken im Alignment"" ""5.6 Leseempfehlungen"" ""6 Distanzverfahren"" ""6.1 Unterschiede zwischen DNA-Sequenzen: Schein und Sein"" ""6.2 Distanzkorrektur: Messen von genetischen Distanzen"" ""6.3 B�ume aus Distanzen I: Suchverfahren""""6.4 B�ume aus Distanzen II: Clustering-Methoden"" ""6.5 Geringe Distanz zur Praxis: Distanzen in PAUP*"" ""6.6 Leseempfehlungen"" ""7 Maximum Likelihood"" ""7.1 Bedingte Wahrscheinlichkeit"" ""7.2 Berechnung der Wahrscheinlichkeit f�r einen gegebenen Baum"" ""7.3 Buchen sollst Du suchen: Welcher ist der beste Baum?"" ""7.4 ML und Batch Files in PAUP*"" ""7.5 Alternative Suchverfahren und weitere Software"" ""7.6 Leseempfehlungen"" ""8 Bayesianische Statistik"" ""8.1 Frisch ans Werk � die Verwendung von MrBayes"" ""8.2 Bayesianische Statistik � die Hintergr�nde""""8.3 Markov Chain Monte Carlo"" ""8.4 Leseempfehlungen"" ""9 Raten und Zeiten"" ""9.1 Die molekulare Uhr"" ""9.2 Das A und O: Die Kalibrierung"" ""9.3 Phylogramme zu Chronogrammen: r8s"" ""9.4 Relaxed Phylogenetics und BEAST"" ""9.5 Absolute Substitutionsraten und Diversifikationsraten"" ""9.6 Fossile DNA, ancient DNA"" ""9.7 Leseempfehlungen"" ""10 Testen und Vergleichen: Modelle, B�ume und Methoden"" ""10.1 Phylogenetics� next Topmodel: Welches ist das beste Modell?"" ""10.2 Evaluation von Stammb�umen""