Молекулярная биология. Рибосомы и биосинтез белка: учебное пособие

Description

Титульный лист Выходные данные Предисловие Предисловие автора ЧАСТЬ I. ВВОДНАЯ Глава 1. Мир РНК и биосинтез белков 1.1. Центральная догма молекулярной биологии 1.2. Кодирующие и некодирующие РНК 1.3. Общая схема биосинтеза белков 1.4. Принципы макромолекулярной структуры РНК 1.5. Мир РНК и происхождение жизни Глава 2. Информационная РНК и генетический код 2.1. Расшифровка генетического кода 2.2. Особенности генетического кода 2.3. Структура мРНК 2.4. Информационные рибонуклеопротеидные частицы высших эукариот (информосомы, или мРНП) Глава 3. Транспортная РНК и аминоацил-тРНК-синтетазы 3.1. Открытие 3.2. Структура тРНК 3.3. Аминоацил-тРНК-синтетазы 3.4. Аминоацилирование тРНК 3.5. Специфичность аминоацилирования тРНК Глава 4. Рибосомы и трансляция 4.1. Первые наблюдения 4.2. Локализация рибосом в клетке 4.3. Рибосомы прокариот и эукариот 4.4. Полирибосомы 4.5. Стадии трансляции: инициация, элонгация и терминация 4.6. Химические реакции и суммарный энергетический баланс биосинтеза белка 4.7. Бесклеточные системы трансляции ЧАСТЬ II. СТРУКТУРА РИБОСОМЫ Глава 5. Морфология рибосомы 5.1. Размер, внешний вид и подразделение на субъединицы 5.2. Малая субъединица 5.3. Большая субъединица 5.4. Ассоциация субъединиц в полную рибосому 5.5. Структура рибосомы с низким разрешением 5.6. Структура рибосомы с атомным разрешением Глава 6. Рибосомная РНК 6.1. Введение 6.2. Типы рибосомной РНК и их первичная структура 6.3. Вторичная структура рибосомных РНК 6.4. Конформационная подвижность и компактное сворачивание рибосомных РНК 6.5. Третичная структура рибосомных РНК Глава 7. Рибосомные белки и четвертичная структура рибосомы 7.1. Разнообразие и номенклатура рибосомных белков 7.2. Первичные структуры белков 7.3. Пространственные структуры белков 7.4. Белковые комплексы 7.5. Взаимодействия белков с рибосомной РНК 7.6. Разборка и самосборка рибосомных частиц 7.7. Периферическая локализация белков и их топография ЧАСТЬ III. ФУНКЦИОНИРОВАНИЕ РИБОСОМЫ Глава 8. Функциональные активности и функциональные участки рибосомы 8.1. Рабочий цикл рибосомы 8.2. Связывание, удержание и скольжение мРНК (мРНК- связывающий участок на малой субъединице) 8.3. Катализ реакции образования пептидной связи (пептидилтрансферазный центр на большой субъединице) 8.4. GTP-зависимое связывание факторов трансляции (участок связывания белковых факторов на большой субъединице) 8.5. Связывание аминоацил-тРНК и удержание пептидил-тРНК (тРНК-связывающие центры в межсубъединичном пространстве) 8.6. Перемещения лигандов: функция транслокации Глава 9. Элонгационный цикл, стадия I: связывание аминоацил-тРНК 9.1. Кодон-антикодоновое взаимодействие 9.2. Участие фактора элонгации 1 (EF-Tu или eEF1A) в связывании аминоацил-тРНК 9.3. Ингибиторы связывания аминоацил-тРНК 9.4. Ложное кодирование 9.5. Общая схема последовательности событий при связывании аминоацил-тРНК с рибосомой Глава 10. Элонгационный цикл, стадия II: транспептидация (образование пептидной связи) 10.1. Химический механизм реакции транспептидации 10.2. Стереохимическое рассмотрение реакции 10.3. Структурные основы катализа транспептидации 10.4. Спонтанное посттранспептидационное смещение продуктов транспептидации как предпосылка транслокации 10.5. Энергетический баланс реакции 10.6. Ингибиторы Глава 11. Элонгационный цикл, стадия III: транслокация 11.1. Определения и экспериментальные термины 11.2. Участие фактора элонгации (EF-G или eEF2) в транслокации 11.3. Бесфакторная («неэнзиматическая») транслокация 11.4. Передвижения матрицы при транслокации 11.5. Механика и энергетика транслокации 11.6. Ингибиторы транслокации 11.7. Резюме: последовательность событий и молекулярные механизмы Глава 12. Скорость элонгации и ее модуляция 12.1. Скорость элонгации у прокариот и эукариот 12.2. Неравномерность элонгации 12.3. Избирательная регуляция скорости элонгации на специфических мРНК 12.4. Тотальная регуляция элонгации 12.5. Белковые токсины, воздействующие на элонгацию Глава 13. Терминация трансляции 13.1. Кодоны терминации 13.2. Белковые факторы терминации 13.3. Связывание факторов терминации с рибосомой 13.4. Гидролиз пептидил-тРНК 13.5. Эвакуация деацилированной тРНК 13.6. Общий сценарий последовательности событий в процессе терминации Глава 14. Инициация трансляции 14.1. Общие принципы 14.2. Инициация у прокариот 14.3. Инициация у эукариот Глава 15. Регуляция трансляции у прокариот 15.1. Общие положения 15.2. Дискриминация мРНК 15.3. Трансляционное сопряжение 15.4. Трансляционная репрессия 15.5. «Рибопереключения» 15.6. Антисмысловое блокирование Глава 16. Регуляция трансляции у эукариот 16.1. Значение регуляции трансляции у эукариот 16.2. Тотальная регуляция трансляции путем модификации факторов инициации 16.3. Дискриминация мРНК инициирующими рибосомными частицами и факторами инициации 16.4. Регуляция инициации короткими открытыми рамками считывания (uORF) 16.5. Трансляционная репрессия 16.6. Маскирование мРНК 16.7. Эволюция основных механизмов регуляции трансляции Глава 17. Котрансляционное сворачивание и трансмембранный транспорт белков 17.1. Вклад рибосомы в сворачивание белков 17.2. Взаимодействие транслирующих рибосом с мембранами 17.3. Котрансляционная трансмембранная транслокация растущих полипептидных цепей 17.4. Котрансляционные ковалентные модификации и сворачивание растущей полипептидной цепи в просвете эндоплазматического ретикулума 17.5. Альтернативные пути трансмембранного транспорта новосинтезированных белков ЧАСТЬ IV. ОБОБЩЕНИЕ Глава 18. Принципы структурной организации и функционирования рибосомы 18.1. Основные принципы структурной организации и сборки рибосомы 18.2. Структурные основы функционирования рибосомы 18.3. Рибосома как молекулярная машина 18.4. Вклад белковых факторов элонгации 18.5. Рибосома как изотермическая машина с конформационным «храповиком» и химической «собачкой» 18.6. Заключение Оглавление Вклейки