Биохимические механизмы мутационного давления в методологии вычислительной биологии

Description

Посвящена описанию многочисленных биохимических аспектов мутационного давления, биоинформатических методов его изучения и применению знаний о данных аспектах в различных областях биологии и медицины. Актуальность издания обусловлена тем, что описанные в ней методы впервые представлены в систематизированном и расширенном виде. До момента издания монографии сведения о биохимических аспектах мутационного давления, в том числе и о тех, которые были раскрыты непосредственно автором, можно было найти исключительно в научных статьях, опубликованных в международных рецензируемых журналах на английском языке. Представляет интерес не только для исследователей, но и для врачей-инфекционистов, эпидемиологов. Последние смогут найти на страницах издания новейшие сведения о патогенезе ВИЧ, герпетической инфекции и аутоиммунных осложнений стрептококковой инфекции. Предназначена для студентов, аспирантов, соискателей и преподавателей биологических и медицинских вузов, генетиков, биохимиков, эпидемиологов и врачей-инфекционистов. БИОХИМИЧЕСКИЕ МЕХАНИЗМЫ МУТАЦИОННОГО ДАВЛЕНИЯ В МЕТОДОЛОГИИ ВЫЧИСЛИТЕЛЬНОЙ БИОЛОГИИ Введение Часть первая Теория мутационного давления Глава 1 Предмет и задачи молекулярной биологии, геномики, протеомики, биоинформатики и вычислительной биологии Глава 2 Теория нейтральной эволюции м. Кимуры Глава 3 Теория мутационного давления Н. Суеоки Глава 4 Понятие о силе мутационного давления Глава 5 Последствия мутационного давления Часть вторая Характеристика мутационного давления в генах и геномах Глава 1 Анализ частот нуклеотидных замен между генами, кодирующими отдельные белки герпесвирусов (вирусов простого герпеса человека и обезьяны, варицелло-зостер-вирусов человека и обезьяны) Глава 2 Анализ полных геномов альфа-герпесвирусов Глава 3 Анализ выборки нуклеотидных последовательностей гена env, полученных от разных штаммов и клонов вируса иммунодефицита человека 1-го типа Часть третья Уровень мутабельности кодирующих участков Глава 1 Поиск участков с высокой и низкой мутабельностью в генах env вирусов иммунодефицита человека 1-го и 2-го типа Глава 2 Предсказание уровня мутабельности пространственных эпитопов поверхностного белка gp120 вируса иммунодефицита человека 1-го типа Глава 3 Расчет риска нонсенс-мутации в гене, кодирующем м-протеин streptococcus pyogenes Часть четвертая Степень селекционных ограничений, накладываемых на аминокислотный состав белка Глава 1 Анализ механизмов упрощения аминокислотного состава препроинсулина хордовых животных под воздействием GC-давления Глава 2 Анализ механизмов упрощения аминокислотного состава протеомов альфа-герпесвирусов под воздействием GC-давления Глава 3 Анализ механизмов упрощения аминокислотного состава отдельных белков альфа-герпесвирусов под воздействием GC-давления Часть 5 Уровень изменчивости отдельных участков белка Глава 1 Подтверждение результатов предсказания уровня мутабельности пространственных эпитопов поверхностного белка gp120 вируса иммунодефицита человека 1-го типа Часть шестая Описание оригинальных компьютерных алгоритмов Глава 1 Алгоритм «codonchanges» Глава 2 Алгоритм «Vvk Dinucleotides» Глава 3 Алгоритм «Vvk in Group» Глава 4 Алгоритм «Coding Genome Scanner» Глава 5 Алгоритм «Vvk Consensus» Глава 6 Алгоритм «Vvk in Length» Глоссарий Литература Приложение 1 Приложение 2 Приложение 3 Содержание